近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所武志强团队在aBIOTECH 杂志上发表了题为"The genomic and bulked segregant analysis of Curcuma alismatifolia revealed its diverse bract pigmentation "的文章,对热门新兴花卉姜荷花的栽培品种“清迈粉”高质量参考基因组进行解码,并鉴定到调控姜荷花苞片颜色形成的关键基因,为解析姜荷花重要观赏性状的遗传机理提供了坚实的理论基础。
研究团队利用三代HiFi、二代MGI和Hi-C数据,对姜荷花栽培品种“清迈粉”进行了全基因组测序和组装。姜荷花的基因组全长为994.07 Mb,重复序列占75.84%,共注释到57,534个基因,Scaffold N50为57.51 Mb。研究发现姜荷花与姜科植物姜大约在1,190万年前发生了分化,并经历了一次姜科共有的全基因组加倍事件。此外,姜荷花不同类别重复基因具有不同的进化命运,其中串联重复(TD)、近端重复(PD)和分散重复(DSD)基因对的Ka/Ks比其他两种重复基因类型(转座重复(TRD)、全基因组重复(WGD))的Ka/Ks高,而Ks值较小,即姜荷花这3类重复基因的序列分化比WGD和TRD基因快,受到了更强的正选择。且这3类重复基因富集在单萜生物合成和类黄酮生物合成通路,暗示这些基因复制事件可能与姜荷花物种形成有关。
基因组所武志强研究员和广东省农业科学院环境园艺研究所朱根发所长为论文的通讯作者。博士生廖雪竹、叶远俊博士和张晓妮博士为论文的共同第一作者。该研究得到了农科院青年英才计划的经费支持。
来源:aBIOTECH
Copyright © 2000-2016. 深圳市种子同业商会版权所有 深圳市南山区茶光路1085号农业科技大厦 粤ICP备2020130534号